間接式獨立燃燒暖氣裝置用水作為載熱介質向車室提供暖風，出風柔和舒適感好，且采用內循環空氣、灰塵少，效果較為理想。其最大優點不僅可作為車廂取暖用，還可供預熱發動機、預熱潤滑油和蓄電池等。如果這種水加熱器與汽車發動機的冷卻水系統連通起來，則可起互補作用。當發動機水溫低于80℃左右時由加熱器工作，而水溫高于80℃時，恒溫器動作，自動切斷燃油泵電源，由發動機冷卻水提供熱源。這樣既保證水加熱器不致因過熱而損壞，又可節約能源。
間接式獨立燃燒暖氣裝置的構造與直接式獨立燃燒暖氣裝置大體相同，也包括四個部分。區別之處有：
① 這里的燃燒室是由噴油嘴和高壓電弧點火器組成。高壓電弧點火器具有點火迅速，使用可靠的優點。
② 熱交換器的一側仍為高溫的燃燒氣體，而另一側則是水，不再是空氣。供水系統是以水泵代替風機作為動力。水的來源可以是專用的水箱，也可以是發動機的冷卻水。
③ 控制系統里有水溫控制器和水溫過熱保護器，前者根據水溫的高低控制燃油的噴油量，后者則在水溫超過預調溫度時，將油門切斷，停止燃油燃燒。其點火嫩燒過程與直接式的相仿。將暖氣裝置的管道上的開關打開，水經管道進入暖氣裝置，水升溫到73-78℃，輸送到車內散熱器，再把熱量放給空氣，空氣受熱升溫送進車室暖調。當不用暖氣裝置或夏季時要把上述開關關閉。